汽车与轨道交通学院成立于2007年，是全国应用型本科院校协作组组长单位南京工程学院的二级教学院系，是江苏省汽车工程学会常务理事单位、南京市城市轨道交通发展协会会员单位、江苏省轨道车辆现代化装备工程研究中心挂靠单位之一、南京工程学院-深圳安车科技汽车检测室挂牌单位。现有一个车辆工程学科，一个机械领域专业硕士研究方向——车辆机械技术状况智能监测与性能优化，三个本科专业，即：车辆工程专业(含节能与新能源汽车和城市轨道车辆两个专业模块)、汽车服务工程专业和交通设备与控制工程专业，有全日制本科学生1400余人，毕业生一次就业率高于98%。
汽车与轨道交通学院设有学院办公室、学生工作办公室(共青团分团委合署)、车辆工程研究所、车辆工程教研室、汽车教研室、轨道车辆教研室、交通控制教研室和车辆工程实验中心。现有教师40余人，其中：行政管理人员(含学工辅导员)8人，专业教师30余人；兼有讲师和硕士以上学位教师占全部教师总数的95%，正高、副高、中级职称比例15%：50%：35%，博士、硕士、学士比例为65%：30%：5%。
汽车与轨道交通学院的教学工作以节能与新能源汽车设计、制造、服务，城市轨道车辆制造、检测、维护，交通运输车辆机电设备及电气系统设计、制造、集成为教学内涵，具有新能源汽车、轨道车辆牵引制动、汽车基础、汽车电子电气、汽车设计、汽车制造、汽车运用等一批教学团队，获得了学校教学成果一等奖、江苏省本科优秀毕业设计一等奖等高等教育教学奖励。
汽车与轨道交通学院的科技工作围绕节能与新能源汽车和轨道车辆展开，在车辆工程学科内形成了“汽车技术状况检测与控制”和“车辆动态设计与动力学分析”两个科研团队。对于节能汽车和轨道车辆的运用开展深入研究，获得国家和省厅级高层次纵向课题资助。在新能源汽车动力混合器、动力电池管理系统、白车身轻量化技术、汽车顶盖模具技术、汽车悬架隔振性能评价技术、轨道车辆门振动与冲击、轨道车辆结构分析等领域广泛开展产学研合作。获得了中国机械工业科学技术奖二等奖、江苏机械工业科技进步奖一等奖等一批行业和政府的科技奖励。
车辆工程实验中心历年来陆续受到“中央与地方共建高校特色优势学科实验室项目”、“中央财政支持地方高校发展专项资金项目”和“中央与地方共建高校基础实验室建设项目”的资助，设有汽车实验室、交通控制实验室、轨道车辆实验室和院计算机房，具有节能与新能源汽车、常规汽车、城市轨道车辆、汽车电子控制等四类教学科研设备，价值1000余万元、占地面积 2135 m2，拥有PSV-400-B扫描式激光测振仪、NEC-R300W2 R10红外热像仪等一批科研仪器，拥有网络化、省内首创的“新能源汽车教学实验室”。
汽车与轨道交通学院适应国家持续开展城市轨道交通建设、加快实施节能-新能源汽车战略、强化汽车关键零部件技术自主化的局面，以汽车与轨道交通行业需求为引领，以汽车与轨道交通专业建设为载体，以教师科技能力建设、教学团队建设、专业核心课程建设为基础，建成了本科生规模适度、学科专业特色明显、与行业结合度较高、本科专业群设置合理、办学效益较高，在省内同类院校和行业中具有一定影响的学校二级教学单位。
